Трудовой кодекс как правильно считать переработку?

Здравствуйте, я военнообязанный и работаю сутки через трое. Когда уходишь в очередной отпуск, отчёт отпуска начинается с дежурных суток, а когда заканчивается отпуск иной раз не попадаешь в свои сутки и остаётся к примеру два, а то и три дня до дежурных суток. Начальник минусует эти часы от переработки, мотивируя что мы не выходим в день, но у нас график работы 1 через 3. Так же и с больничным если не попадаешь в свои сутки и не выходишь в день у тебя получается минус часов. Как правильно на самом деле ?